W 1866 roku żeglarzy na całym świecie niepokoi pojawienie się tajemniczego obiektu morskiego, przewyższającego wieloryby prędkością i rozmiarem. Po licznych kolizjach niszczących statki, obiekt zostaje uznany za niebezpieczne stworzenie, a w 1867 roku USA wysyłają fregatę „Abraham Lincoln” z misją jego odnalezienia i zniszczenia. Na pokładzie znajdują się znany profesor Aronnax ze swoim służącym Conseilem oraz harpunnik Ned Land. Na Pacyfiku ekspedycja natrafia na zagadkową istotę, a w wyniku katastrofy Aronnax, Conseil i Land lądują za burtą. Ratunek przychodzi od nikogo innego, jak od właściciela owego „potwora” – kapitana Nemo, dowódcy unikalnego okrętu podwodnego „Nautilus”. Nemo, który zerwał wszelkie więzi ze światem ludzi, ogłasza, że uratowani są teraz więźniami na pokładzie jego statku, skazani na podróżowanie po bezkresnych oceanach i odkrywanie ich tajemnic, podczas gdy Ned Land marzy o ucieczce.