Doktor Daniel Jackson, korzystając z pradawnych technologii, odkrywa położenie zaginionego miasta — Atlantydy. Doktor Elizabeth Weir gromadzi międzynarodową ekspedycję, aby zbadać to miejsce, jednak Atlantyda znajduje się w innej galaktyce, w Pegazie. Podróż przez gwiezdne wrota wymaga niewyobrażalnych ilości energii, co sprawia, że misja może być jednokierunkowa. Po dotarciu na miejsce, zespół szybko staje w obliczu poważnych wyzwań. Odkrywają nowych sojuszników, ale też potężnych wrogów – Wraithów. Odcięci od Ziemi, muszą opanować technologie Starożytnych i znaleźć sposób na przetrwanie, walcząc z licznymi zagrożeniami, w tym z militarystyczną cywilizacją Genii.