После того как доктор Дэниел Джексон обнаруживает местоположение Атлантиды с помощью древних технологий, доктор Элизабет Вейр возглавляет международную экспедицию. Их цель – затерянный город, находящийся, однако, в другой галактике, Пегасе. Путешествие туда через звёздные врата требует невероятного количества энергии, что делает миссию потенциально безвозвратной. По прибытии на Атлантиду, команда быстро оказывается в опасности: они находят новых союзников, но также сталкиваются с грозными врагами – рейфами. Отрезанные от Земли, им предстоит освоить технологии Древних и бороться за выживание, противостоя различным угрозам, включая воинственную цивилизацию Дженаев.