El filibusterismo retoma la historia trece años después de los eventos de la novela anterior. Crisóstomo Ibarra, dado por muerto tras ser falsamente acusado de rebelión y huir, regresa al país bajo la identidad de Simoun, un enigmático y acaudalado joyero. Su objetivo ha cambiado drásticamente: ya no busca reformas pacíficas, sino incitar una revolución violenta contra el opresivo gobierno colonial español. Para ello, Simoun manipula a diversas figuras, desde el Capitán-General hasta comerciantes y estudiantes. Su verdadera identidad es descubierta por un joven Basilio, a quien Simoun intenta reclutar para su peligrosa causa. A través de ingeniosas maquinaciones, Simoun comienza a sembrar el caos y la disidencia, acumulando armas y aprovechándose de las injusticias existentes para alimentar el fuego de la insurrección. La trama se centra en sus complejos planes para desestabilizar la sociedad y forzar un cambio radical en Filipinas.