W 1866 roku żeglarze na całym świecie zaczęli napotykać tajemniczy obiekt, znacznie przewyższający wieloryba szybkością i rozmiarami. Gdy ta nieznana istota uszkodziła kilka statków, w 1867 roku wyruszyła amerykańska ekspedycja na fregacie „Abraham Lincoln” pod dowództwem kapitana Farraguta, z misją wytropienia i zniszczenia morskiego zagrożenia. Wśród uczestników wyprawy znaleźli się francuski profesor Aronnax, jego służący Conseil oraz kanadyjski harpunnik Ned Land. Na Pacyfiku wreszcie natrafiają na zagadkową istotę, lecz w wyniku kolizji sami wypadają za burtę. Cudem uratowani, trafiają na pokład niezwykłego okrętu podwodnego „Nautilus”, dowodzonego przez tajemniczego Kapitana Nemo. Nemo, który odciął się od ludzkiego społeczeństwa, informuje ich, że dla zachowania sekretu jego unikalnej jednostki, zostaną jego więźniami i wyruszą w niezwykłą podróż po oceanach świata. Profesor Aronnax będzie mógł badać niezbadane głębiny, podczas gdy Ned Land nie ustaje w poszukiwaniu drogi do wol