Francuski profesor Pierre Aronnax, wybitny biolog, opowiada historię swojej niezwykłej podwodnej podróży. Wszystko zaczyna się, gdy na oceanach pojawia się tajemniczy potwór morski, odpowiedzialny za zniszczenie wielu statków. Aronnax, jego wierny służący Conseil oraz kanadyjski harpunnik Ned Land dołączają do ekspedycji wojskowego okrętu Abraham Lincoln, mającej na celu upolowanie bestii. Niespodziewanie, w wyniku ataku stworzenia, trzej bohaterowie wypadają za burtę. Po ocaleniu odkrywają, że znaleźli się nie na wyspie, lecz na metalowej konstrukcji – zaawansowanej łodzi podwodnej. W jej wnętrzu poznają intrygującego Kapitana Nemo, który informuje ich, że po odkryciu jego istnienia i sekretu, nie mogą już wrócić na powierzchnię, zmuszając ich do udziału w epickiej podróży na pokładzie Nautilusa przez niezbadane głębiny oceanów.